Dentro de los seres vivos se reconocían solo dos reinos (reino Vegetal y reino Animal), ya desde que Aristóteles estableció la primera taxonomía en el siglo IV a.C. Las plantas con raíces son tan diferentes en su forma de vida y en su línea evolutiva de los animales móviles y que ingieren alimentos, que el concepto de los dos reinos ha permanecido intacto hasta hace poco. Sólo en el siglo XIX, bastante después de saber que los organismos unicelulares no se ajustaban adecuadamente a ninguna de las dos categorías, se propuso que éstos formaran un tercer reino, el reino Protistas. Mucho tiempo después de que se descubriera que la fotosíntesis era la forma básica de nutrición de las plantas, los hongos, que se alimentan por absorción, continuaban siendo clasificados como plantas debido a su aparente modo de crecimiento mediante raíces.
En la actualidad, debido al gran desarrollo que han experimentado las técnicas para estudiar la célula, se ha puesto de manifiesto que la división principal de los seres vivos no es entre vegetales y animales, sino entre organismos cuyas células carecen de envoltura nuclear y organismos cuyas células tienen membrana nuclear.
Las bacterias y las algas verde azuladas son células procarióticas, y las taxonomías modernas las han agrupado en un cuarto reino, el reino Móneras, también conocido como el reino Procariotas.
El reino Protistas está compuesto por diversos organismos eucariotas unicelulares que viven aislados o formando colonias. Se cree que cada uno de los reinos multicelulares se ha desarrollado más de una vez a partir de antecesores protistas.
El reino Hongos, el quinto de los reinos, incluye los organismos multicelulares que digieren los alimentos externamente y los absorben a través de superficies protoplasmáticas tubulares.
La clasificación de los seres vivos en cinco reinos, está basada en tres niveles de organización: el primitivo nivel procariota; el eucariota, relativamente simple y ante todo unicelular, y el complejo multicelular eucariota. Dentro de este último nivel, las tres líneas evolutivas principales se basan en tipos de nutrición diferentes, y se expresan en los distintos tipos de organización tisular característicos de los animales, vegetales y hongos.
La adopción de un sistema de nomenclatura basado en dos nombres se debe al naturalista y médico sueco Carlos Linneo (en latín, Carolus Linnaeus, 1707-1778) quien intentó describir la totalidad del mundo natural conocido dándole a "cada especie" un nombre compuesto de dos partes. Sin embargo, la nomenclatura binominal existió antes de Linnaeus en formas variadas. Pero es a partir de las publicaciones linneanas que se comienza a generalizar el uso binominal para la nomenclatura específica.
Creó un sistema de nomenclatura binomial para clasificar a los seres vivos: la primera letra indicaba el género, a la que seguía el nombre de la especie. Asimismo, fue quien agrupó los géneros en familias, estas en clases y las clases en reinos. Este sistema le permitió tipificar y clasificar más de 8.000 especies animales y 6.000 vegetales.
Los 2 criterios para clasificar a los seres vivos son:
1.- La Estructura de los seres vivos: Establece que todos los seres vivos están formados por células sean Procariotas ( carentes de Carioteca o Envoltura nuclear) por lo consiguiente el material genético o ADN está mezclado con los componentes citoplasmáticos, las Eucariotas con un Núcleo bien organizado formado por la Carioteca y la Cariolinfa y con organelos y sistemas membranosos internos.
2.- El Nivel de organización: Establece al Nivel de organización biológica que pertenece abarca desde el nivel químico o Molecular hasta el nivel Sistemas de órganos.
3.- Su Sistema de Nutrición: Establece el tipo de Nutrición que poseen siendo Autótrofa solo en vegetales y bacterias fotosintéticas al poseer cloroplastos y clorofila son capaces de transformar los fotones de luz solar, el CO2 y el H20 en alimentos orgánicos por Fotosíntesis, Heterótrofa en todos los animales y los hongos incapaces de sintetizar sus propios alimentos obtienen la energía química a partir de los alimentos sintetizados de otros seres vivos.
El 1º criterio establece el tipo de células que poseen Eucariotas con Envoltura Nuclear para aislar y separar el ADN del resto de la célula y con Sistemas de Endomembranas ( retículo endoplásmico rugoso, liso, complejo de golgi ) y todos los organelos subcelulares con excepción de los Plastidios verdes ( cloroplastos), el 2º criterio establece que los integrantes del Reino Fungi pertenecen al Nivel de organización Celular ya que sus células no se diferencian en formar tejidos, el 3º criterio establece que los Hongos poseen Nutrición Heterótrofa ( obtienen la energía química a partir de la simple absorción de los alimentos orgánicos de otros seres vivos), pudiendo ser Heterotrofismo Saprófita aquellos hongos que forman el Eslabón de los descomponedores en cadenas alimenticas ( oxidan los restos de organismos vegetales y animales en estado de descomposición aprovechando las biomoléculs que poseen y oxidándolas en sales minerales), Heterotrofismo Parásito de aquellos hongos que se alojan en la corteza de los Árboles ( Ascomicetes) y que por parasitismo extraen los nutrientes del huésped.
Ejemplo: Podemos formular, como hipótesis, el siguiente razonamiento: "Cae con mayor velocidad el cuerpo que posee mayor masa". 